هر دو روش ممکن است: رمزگذاری کل بایگانی یا رمزگذاری هر پرونده در بایگانی. رمزگذاری هر پرونده به طور جداگانه انعطاف پذیرتر است زیرا به این ترتیب هر پرونده می تواند در صورت نیاز با یک کلید متفاوت رمزگذاری شود و می توان هر پرونده را جداگانه استخراج کرد ، یعنی بدون نیاز به رمزگشایی کل بایگانی برای دریافت یک فایل واحد. هرچند که این روش کمی سرنوشت سازتر است.
از دیدگاه امنیتی هر دو روش می توانند در صورت اجرای صحیح از محتوای کافی محافظت کنند.